알레르기 비염은 증상에 의한 분류의 의미에 국한된다. 근본적인 원인은 일반적인 비염과 동일하게 내부의 체온 조절력 상실로 인한 비 점막의 기능 저하 및 상실에 있다. 통상 비염 중에 가장많은 것이 알러지비염인데 그 원인을 꽃가루나 집먼지 진드기와 같은 특정 물질에 그 원인을 둘 수도 있지만, 전체적인 관점에서 보았을 때에는 기초체온 조절능력 저하로 인해 생기는 코, 기관지, 폐의 상태 악화 내지 면역력 저하 등으로 볼 수 있다. 예를 들어 평소에는 꽃가루, 집먼지 진드기에 괜찮다가도 온도, 습도가 급변하는 환절기에만 유독 발생하는 것으로 미루어 볼 때, 충분히 알러지비염의 원인을 전체적인 관점에서 기초체온 조절 능력 저하로 볼 수 있겠다.

비염의 원인에는 외적인 원인에 버금가게 내적인 원인이 굉장히 중요하다. 스트레스, 장부의 이상, 장부간의 부조화, 바이러스 감염 등으로 인해 기초체온 조절능력이 저하 되게되어 대사기능의 이상으로 과도한 열이 세포 등에서 발생하거나 기초체온이 불안정하게 된다. 열은 위로 상승하고자 하는 성향을 지녔다. 따라서 인체에서 열이 발생하면 반드시 머리쪽으로 뜨게 되고 이는 곧바로 폐, 기관지, 코에 영향을 주게 된다. 특히 체열 조절 기능을 하는 폐의 점막과 코의 점막은 많은 열을 밖으로 방출하게 된다. 이러한 상황이 지속되면 코나 폐의 점막은 건조하게 되어 그 상태가 불안정하게 된다.
불안정한 상태는 마른기침을 하거나 코에 자극을 주어 코를 자주 비비게 된다. 그리고 외부로부터 유입되는 먼지, 집먼지 진드기, 꽃가루, 각종 세균 등에 취약한 상태를 이루게 된다. 이는 곧 코, 기관지, 폐에 염증을 유발시키고 비염이나 감기로 증세를 악화시킨다.